Daňová kontrola DPH je postup, kterým správce daně podle daňového řádu (zákon č. 280/2009 Sb.) prověřuje správnost přiznané daně, zejména nárok na odpočet daně na vstupu. Finanční úřad porovnává vaše přiznání s kontrolním hlášením a údaji obchodních partnerů, žádá faktury a doklady k plnění a zkoumá, zda zdanitelné plnění skutečně nastalo. Kontrola končí zprávou o daňové kontrole (§ 88); pokud daň doměří z moci úřední, vzniká penále 20 % podle § 251 a úrok z prodlení podle § 252, který ve druhém pololetí 2026 činí 11,75 % ročně.
Co finanční úřad při kontrole DPH prověřuje?
Cílem kontroly není jen přepočítat čísla v přiznání, ale ověřit, že za nimi stojí reálné obchodní plnění. Správce daně se proto zaměřuje především na nárok na odpočet daně na vstupu — tedy zda jste DPH z přijatých faktur uplatnili oprávněně, zda dodavatel plnění skutečně poskytl a zda jste je použili ke své ekonomické činnosti. Právě odpočet bývá nejčastějším předmětem sporu.
Finanční úřad běžně křížově porovnává vaše kontrolní hlášení s hlášeními odběratelů a dodavatelů a u přeshraničních dodání prověřuje souhrnné hlášení a platnost DIČ partnera v systému VIES. Nesoulad údajů nebo neexistující či nekontaktní dodavatel jsou typickým spouštěčem hlubšího prověřování.
U kontroly DPH nese důkazní břemeno převážně daňový subjekt. Nestačí předložit fakturu — musíte prokázat, že se plnění skutečně uskutečnilo tak, jak je deklarováno, a že je dodal právě ten dodavatel, který je na dokladu uveden.
Jak daňová kontrola probíhá?
Daňovou kontrolu upravuje daňový řád v § 85 a násl. Zahajuje se okamžikem, kdy správce daně vůči vám učiní první úkon, a probíhá formou dokazování — úřad vyzývá k předložení dokladů a k vysvětlení jednotlivých plnění. Kontrolovat lze zpravidla období v rámci tříleté prekluzivní lhůty pro stanovení daně, která se za určitých úkonů prodlužuje.
Během kontroly máte právo klást otázky, navrhovat důkazy a nechat se zastoupit. Přehled nejtypičtějších pochybení, která kontrolu spouštějí, najdete v článku o nejčastějších účetních chybách podnikatelů; většině z nich se dá předejít pořádkem v dokladech.
Jaké doklady si připravit?
Klíčem ke klidné kontrole je uspořádaná dokumentace, ze které lze plnění zrekonstruovat. Nespoléhejte jen na samotnou fakturu — kontrolora zajímá celá „cesta“ obchodu od objednávky po platbu. Příklad: u odpočtu DPH z dražší služby obhájíte nárok mnohem snáz, když k faktuře přiložíte smlouvu, objednávku, výstup práce a bankovní výpis o úhradě.
Ke kontrolovaným obdobím si připravte zejména:
- přijaté i vydané faktury s náležitostmi daňového dokladu podle zákona o DPH (235/2004 Sb.),
- kontrolní hlášení a souhrnné hlášení za kontrolovaná období a podaná přiznání k DPH,
- smlouvy, objednávky, dodací listy a předávací protokoly,
- bankovní výpisy a doklady o úhradě,
- evidenci pro účely DPH a účetní zápisy k jednotlivým plněním.
Pokud si nejste jisti úplností podkladů, pomůže náš návod, jak připravit podklady pro účetního. Chybějící doklad u kontroly DPH téměř vždy znamená spor o odpočet, proto se vyplatí podklady průběžně archivovat, nikoli je dohledávat až po zahájení kontroly.
Jakou roli hraje kontrolní hlášení?
Kontrolní hlášení je od roku 2016 samostatné elektronické podání, ve kterém plátce rozepisuje jednotlivá zdanitelná plnění. Finanční správě slouží jako nástroj pro párování transakcí mezi dodavatelem a odběratelem, takže nesrovnalosti v odpočtech odhalí i bez „klasické“ kontroly v terénu.
Za nepodání nebo pozdní podání kontrolního hlášení hrozí pokuty od 1 000 do 500 000 Kč a v návaznosti na zjištěné nesrovnalosti se může rozběhnout postup k odstranění pochybností nebo daňová kontrola. Právě proto je vhodné kontrolní hlášení podávat správně a včas a nepodceňovat výzvy, které na jeho základě přijdou.
Čím kontrola končí a jaké má důsledky?
Daňová kontrola se ukončuje zprávou o daňové kontrole podle § 88 daňového řádu, se kterou vás správce daně seznámí a k jejímž zjištěním se můžete vyjádřit. Pokud kontrola odhalí, že jste daň přiznali nižší, než měla být, následuje doměření daně a s ním navázané sankce.
Při doměření z moci úřední vzniká podle § 251 penále 20 % z částky doměřené daně, respektive z částky sníženého odpočtu, a 1 % ze snížené daňové ztráty. Vedle toho běží úrok z prodlení podle § 252, tedy repo sazba ČNB zvýšená o 8 procentních bodů — pro druhé pololetí 2026 11,75 % ročně. Zásadní je, že penále nevzniká, pokud chybu opravíte sami dodatečným přiznáním dříve, než ji úřad odhalí.
Přišlo vám oznámení o daňové kontrole DPH nebo si chcete předem ověřit, zda vaše doklady obstojí? Projdeme vaše faktury, kontrolní hlášení i nárok na odpočet, připravíme podklady a zastoupíme vás v komunikaci se správcem daně.
Časté dotazy
Co finanční úřad při kontrole DPH nejvíce prověřuje?
Těžištěm kontroly DPH je oprávněnost nároku na odpočet daně na vstupu — tedy zda dodavatel plnění reálně poskytl a zda jste je použili ke své ekonomické činnosti. Úřad křížově porovnává vaše kontrolní a souhrnné hlášení s údaji partnerů, ověřuje DIČ v systému VIES a žádá faktury a doklady k plnění. Důkazní břemeno přitom nese převážně daňový subjekt.
Kdy hrozí penále a kolik dělá?
Penále 20 % z doměřené daně podle § 251 daňového řádu vzniká jen tehdy, když daň doměří správce daně z moci úřední, typicky po kontrole. Ze snížené daňové ztráty činí 1 %. Pokud chybu opravíte sami dodatečným přiznáním dříve, než ji úřad odhalí, penále nevzniká, ušetříte tedy celých 20 %. Úrok z prodlení podle § 252 běží v obou případech.
Jaké doklady si mám na kontrolu DPH připravit?
Ke kontrolovaným obdobím si připravte přijaté i vydané faktury s náležitostmi daňového dokladu, kontrolní a souhrnné hlášení, podaná přiznání k DPH, smlouvy, objednávky a dodací listy, bankovní výpisy o úhradách a evidenci pro účely DPH. Cílem je z dokladů zrekonstruovat celý obchod od objednávky po platbu, protože reálnost plnění musíte prokázat vy.